自然資源部南海局是自然資源部設在廣州的南海區海洋行政管理機構。南海局擁有海洋水文、化學、地質、氣象、生物、遙測浮標、海洋計量檢定、海洋環境質量評價、海洋信息服務等專業隊伍及先進的儀器設備，擁有遍布南海三省（區）沿海的觀測站網和遙測海洋環境數據浮標網。有裝備比較先進的遠洋考察船。
南海局機關部門
1、辦公室
2、海洋自然資源管理處
3、海域海島管理處（海洋國土空間規劃處）
4、海洋生態修復處
5、海洋自然資源調查與科技處
6、海洋預警監測處
7、海洋督察室
8、安全生產處（船舶管理處）
9、財務與資產管理處
10、人事處
11、離退休辦公室
12、機關黨委辦公室
13、機關紀委辦公室
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